• 四川大学华西医院乳腺外科(成都 610041);
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目的 从基因网络的层面挖掘出与乳腺癌发生发展过程相关的关键模块及 Hub 基因,并且验证这些 Hub 基因是否具有乳腺癌特异性。方法 使用加权基因共表达网络分析法(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选出与乳腺癌发生发展相关的关键模块,用基因本体论数据库及京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对模块功能进行富集,进一步挖掘出与乳腺癌发生发展相关性最高的 Hub 基因。同时分析肿瘤合集中发生发展的 Hub 基因。结果 WGCNA 一共定义了 10 个共表达模块,其中蓝色模块为与乳腺癌及其他恶性肿瘤发生发展相关的关键模块,该模块的基因在细胞周期(KEGG ID: cfa04110)和病毒致癌通路(KEGG ID: hsa05203)、癌症通路(KEGG ID: hsa05200)和系统性红斑狼疮(KEGG ID: hsa05322)等通路中显著富集。最终从蓝色模块中挖掘出与乳腺癌发生发展最为相关的 8 个 Hub 基因,包括NUSAP1FOXM1KIF20ABIRC5TOP2ARRM2CEP55ASPM。其中NUSAP1KIF20ATOP2ACEP55ASPM与肿瘤合集的发生发展也密切相关。结论 WGCNA 可以筛选出与感兴趣的临床特征相关且具有生物学意义的关键模块及 Hub 基因,这些 Hub 基因在乳腺癌发生发展中并不具有乳腺癌特异性。

引用本文: 张元欣, 杜正贵, 李宏江. 加权基因共表达网络分析法挖掘乳腺癌发生发展相关Hub基因. 华西医学, 2020, 35(9): 1074-1081. doi: 10.7507/1002-0179.201904162 复制