• 1. 华北理工大学附属医院皮肤科(河北唐山 063000);
  • 2. 华北理工大学公共卫生学院(河北唐山 063000);
  • 3. 华北理工大学基础医学院(河北唐山 063000);
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目的  利用生物信息学分析方法筛选与玫瑰痤疮发生、发展有关的关键基因和信号转导通路。方法  截至 2021 年 7 月 12 日,从基因表达综合数据库中按照关键词“rosacea”进行检索,最终获得 GSE65914 基因芯片集。利用 GEO2R 平台对该数据集进行分析,筛选出 3 种亚型玫瑰痤疮共同差异基因,并利用在线分析工具 DAVID 数据库完成基因本体论数据库富集分析及京都基因和基因组百科全书通路富集分析。运用 String 和 Cytoscape 软件构建差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,应用 Mcode 及 Cytohubba 插件筛选出参与玫瑰痤疮的最显著模块及关键基因。结果  共筛选得到 957 个共同差异基因,包括 533 个上调基因及 424 个下调基因。基因本体论富集分析发现这些基因主要参与了免疫反应、炎症反应、细胞间信号转导、T 细胞增殖的正调控、趋化因子介导的信号通路、细胞表面受体信号通路、对干扰素-γ 的细胞反应等生物过程。通路富集分析主要包括了细胞因子-细胞因子受体相互作用、类风湿关节炎、趋化因子信号通路、PPAR 信号通路、Toll 样受体信号通路、核转录因子-κB 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等信号通路。Cytohubba 分析得到 PTPRCMMP9CCR5IL1BTLR2STAT1CXCR4CXCL10CCL5VCAM1 共 10 个关键基因。结论  筛选出的关键基因和相关通路可能在玫瑰痤疮发生、发展中起着关键调节作用。

引用本文: 何阳, 杨宏昊, 康雨朦, 张紫嫣, 刘舒鹏, 徐洪, 杨方, 杨洁. 基于生物信息学方法筛选玫瑰痤疮关键基因与信号通路. 华西医学, 2021, 36(9): 1232-1238. doi: 10.7507/1002-0179.202107154 复制

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